事業譲渡はなぜ「難しい」と言われるのか
M&Aの手法にはいくつかの類型がありますが、中小企業のオーナーが検討する場面で最も多いのが「株式譲渡」と「事業譲渡」の二つです。株式譲渡は、会社の株式をそのまま買い手に渡す方法ですので、会社という”箱”ごと引き継がれます。契約関係も雇用関係も、原則としてそのまま存続します。いわば「包括承継」です。
一方、事業譲渡は「個別承継」と呼ばれます。会社の事業を構成する資産や契約を、一つひとつ選んで買い手に移転する方法です。土地、建物、車両、在庫、商標、ウェブサイト、取引先との契約、従業員の雇用契約、これらすべてについて、それぞれ固有の移転手続きと法的要件があります。
この「個別承継」という性質こそが、事業譲渡の最大の特徴であり、同時に最大の難しさでもあります。本記事では、M&Aアドバイザーとしての実務経験をもとに、事業譲渡における資産別の承継手順と、実務で頻繁にトラブルになるポイントを、できる限り具体的に解説いたします。
事業の売却や買収を検討されている方に実務の全体像を改めて整理する一助となれば幸いです。
事業譲渡と株式譲渡の根本的な違い
事業譲渡の各論に入る前に、株式譲渡との違いを簡潔に整理しておきます。株式譲渡では、買い手は対象会社の株式を取得することで、会社に帰属するすべての資産・負債・契約関係を包括的に引き継ぎます。個別の資産について移転登記や名義変更を行う必要は、原則としてありません。
これに対して事業譲渡では、譲渡対象とする資産・負債・契約を当事者間で個別に合意し、それぞれの法律に従って移転手続きを行う必要があります。不動産であれば所有権移転登記、車両であれば移転登録、商標であれば特許庁への移転登録申請、従業員の雇用契約であれば従業員ご本人の個別同意といった具合です。
つまり事業譲渡とは、「何を渡して、何を渡さないか」を一つひとつ決め、それぞれに必要な手続きを漏れなく履行するプロセスだと言えます。この手間の多さが、事業譲渡の実務を複雑にしている根本的な理由です。
逆に言えば、事業譲渡には「不要な資産や簿外債務を引き継がなくてよい」という大きなメリットがあります。買い手にとっては、欲しい事業だけを選択的に取得できるわけですから、リスクコントロールの観点では非常に優れた手法です。
事業譲渡の全体的な手続きの流れ
事業譲渡は、大まかに以下のステップで進みます。まず、売り手と買い手の間で基本合意書を締結し、譲渡対象となる事業の範囲や価格の目線について大枠を合意します。
次に、買い手によるデューデリジェンス（買収監査）を実施します。事業譲渡の場合は、譲渡対象資産の特定と評価が極めて重要ですので、財務・法務・税務に加えて、資産ごとの権利関係や移転可能性の調査が欠かせません。
デューデリジェンスの結果を踏まえて、事業譲渡契約書を締結します。この契約書には、譲渡対象資産・負債の明細、対価、クロージング条件、表明保証、競業避止義務、損害賠償条項などが規定されます。契約締結後は、会社法上の手続きとして、譲渡会社側で株主総会の特別決議が必要となる場合があります（会社法467条）。具体的には、事業の全部の譲渡、または事業の重要な一部の譲渡で、かつその譲渡により譲渡する資産の帳簿価額が総資産額の5分の1を超える場合に特別決議が求められます。
そして、クロージング日に各資産の引渡しと対価の支払いを行い、その後、個別資産の名義変更や届出手続きを進めていきます。
ここからは、各資産の承継手順と注意事項を詳しく見ていきましょう。
不動産（土地・建物）の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
事業譲渡によって土地や建物を移転する場合、法務局に対して所有権移転登記を申請する必要があります。登記がなければ、第三者に対して所有権を主張することができません（民法177条の対抗要件）。
所有権移転登記には、売り手側の登記識別情報（いわゆる権利証）、印鑑証明書、固定資産評価証明書などが必要です。通常、司法書士に登記手続きを委任します。
税務面のポイント
不動産の移転には、いくつかの税金が発生します。
登録免許税は、所有権移転登記の際に課される国税です。税率は原則として固定資産税評価額の2.0％です。土地については令和8年3月31日まで1.5％に軽減される措置が設けられています。
不動産取得税は、不動産を取得した買い手に対して都道府県が課す地方税です。標準税率は4％ですが、土地と住宅用建物については令和9年3月31日まで3％に軽減されています。さらに、宅地については課税標準が固定資産税評価額の2分の1となる特例もあります。
なお、土地の譲渡対価そのものは消費税の非課税取引ですが、建物の譲渡対価は消費税の課税取引となります。事業譲渡対価の総額を土地・建物に按分する際には、固定資産税評価額比で按分する方法が一般的です。この按分は消費税額に直接影響するため、契約書上で明確に定めておくことが重要です。
実務で事故りやすいポイント
不動産の承継で最もトラブルが多いのは、抵当権の処理です。対象不動産に金融機関の抵当権が設定されている場合、クロージングまでに抵当権を抹消するのか、あるいは買い手が債務を引き受けて抵当権を存続させるのかを明確にしておく必要があります。抵当権の抹消には、売り手が借入金を完済するか、別の担保を差し入れて差替えを行うことが必要です。M&Aの対価を借入金の返済に充当するスキームもよく用いられますが、クロージング日に「返済→抵当権抹消→所有権移転登記」を同日処理するための段取りを金融機関と事前に打ち合わせておくことが不可欠です。
また、対象不動産が賃借物件（借地権・借家権）である場合は、賃貸人の承諾が必要です（民法612条）。賃貸人が承諾しない場合は、事業譲渡そのものが成立しないリスクがありますので、デューデリジェンスの段階で賃貸人の意向を確認しておくことを強くお勧めします。承諾料の負担についても、売り手・買い手間で事前に取り決めておきましょう。
固定資産税の精算も忘れがちなポイントです。固定資産税は毎年1月1日時点の所有者に対して課されますが、実務上はクロージング日を基準として日割精算を行うのが一般的です。契約書に精算条項を設けておきましょう。
車両の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
事業用車両を移転する場合、運輸支局（軽自動車の場合は軽自動車検査協会）で移転登録の手続きを行います（道路運送車両法13条）。移転登録には、譲渡証明書、車検証、売り手と買い手双方の印鑑証明書、車庫証明書（新しい使用の本拠に対するもの）などが必要です。自動車税（種別割）は、4月1日時点の所有者に課されるため、クロージングのタイミングによっては日割精算の取り決めが必要になります。自賠責保険（自動車損害賠償責任保険）の名義変更も忘れず行いましょう。任意保険については、そのまま引き継げない場合が多いため、買い手側で新たに契約する必要があります。
実務で事故りやすいポイント
車両で見落とされがちなのが、リース車両の扱いです。リース会社が所有者である場合、車両の所有権は売り手にありません。リース契約上の地位を買い手に移転するためには、リース会社の承諾が必要です。リース会社が承諾しない場合、あるいはリース残債を一括精算して移転する場合は、その費用負担を事前に明確にしなければなりません。
また、事業用の緑ナンバー車両（一般貨物自動車運送事業など）の場合は、運送業の許認可との関係にも注意が必要です。許認可は原則として事業譲渡では自動的に承継されないため、買い手が新たに許認可を取得するか、認可の事前申請が必要となることがあります。クロージングまでに許認可が取得できなければ、事業を運営できないという事態になりかねません。
のれん（営業権）の承継手順と注意事項
のれんとは何か
のれんとは、事業の譲渡対価が、個別に識別できる資産と負債の差額（純資産）を超える部分を指します。平たく申し上げれば、「帳簿に載っている資産の価値を超えて支払う金額」であり、ブランド力、顧客基盤、ノウハウ、将来の収益力といった無形の価値に対する対価です。事業譲渡において、のれんは取引対価の中に含まれる形で移転しますので、不動産のように登記や届出を行う手続きはありません。しかし、会計処理と税務処理の両面で極めて重要な論点です。
会計処理
会計上、のれんは無形固定資産として計上し、その効果の及ぶ期間にわたって規則的に償却します。日本の会計基準（企業会計基準第21号「企業結合に関する会計基準」）では、償却期間の上限は20年とされています。実務上、中小企業では5年から10年の償却期間が多く見られます。
税務処理
税務上、事業譲渡により取得したのれんは「営業権」として無形固定資産に計上し、耐用年数5年の定額法で減価償却 を行います（減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表第三）。この5年間の償却費が損金に算入されますので、買い手にとっては大きな節税効果があります。ここで注意が必要なのは、のれんの譲渡は消費税の課税対象であるという点です。事業譲渡の対価を「資産ごとの内訳」に分解する際、のれん部分には消費税が課されます。数千万円規模ののれんであれば、消費税額も相当な金額になりますので、資金計画に織り込んでおく必要があります。
実務で事故りやすいポイント
のれんに関する最大のトラブルは、譲渡対価の按分に関する売り手と買い手の利害対立です。
買い手としては、のれんの金額を大きくしたいインセンティブがあります。営業権として5年で償却でき、損金算入による節税メリットを享受できるからです。逆に、売り手が法人の場合、のれん部分の売却益に法人税が課されますので、のれんの金額を小さくしたい（個別資産の評価額を高くしたい）インセンティブが働きます。
この対価の按分は、事業譲渡契約書に明記する必要があります。税務調査で否認されないよう、各資産の時価評価に合理的な根拠を持たせることが重要です。第三者による不動産鑑定や在庫の実査評価を取得しておくことで、按分の妥当性を裏付けることができます。また、のれんの金額が当初の見込みほどの収益を生み出さなかった場合の減損リスクも見落とせません。買い手は、のれんの算定根拠となる事業計画の妥当性を、デューデリジェンスの段階で十分に精査しておくことが大切です。
在庫（棚卸資産）の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
在庫は動産ですので、引渡し（占有の移転）によって所有権が移転します。不動産のような登記は不要ですが、「何を、いくつ、いくらで」引き渡すかを明確にするために、クロージング日前後で実地棚卸を行い、棚卸明細書を作成するのが実務上の鉄則です。在庫の譲渡は消費税の課税取引です。在庫金額が大きい場合、消費税額も相応の金額になりますので、資金計画には必ず織り込んでおきましょう。
在庫の評価方法
事業譲渡における在庫の評価は、帳簿価額（簿価）ではなく時価（公正価値）で行うのが原則です。新品の在庫であれば仕入原価がベースになりますが、長期滞留在庫や季節商品、型落ち品などは、市場での処分可能価格を勘案して評価額を引き下げる必要があります。
実務で事故りやすいポイント
在庫で最もトラブルになるのは、不良在庫・滞留在庫の取り扱いです。売り手が「まだ使える」と主張する在庫が、買い手にとっては「販売不能」であるケースは非常に多く見られます。在庫評価の基準をデューデリジェンスの段階で合意しておかないと、クロージング直前に紛糾する原因になります。具体的には、「入庫から◯ヶ月以上経過した在庫は評価減の対象とする」「賞味期限が残り◯ヶ月以内の在庫は譲渡対象から除外する」といったルールを契約書に明記しておくことが有効です。
また、クロージング日における在庫の増減にも注意が必要です。基本合意からクロージングまでの間に、売り手が意図的に在庫を積み増す、あるいは逆に良質な在庫を売り切ってしまうケースがあります。これを防ぐために、「通常の営業活動の範囲内で在庫を管理する」という誓約条項（コベナンツ）を契約書に盛り込むのが一般的です。
在庫の引渡しタイミングと危険負担（破損・盗難・災害等によるリスクの所在）についても、契約書上で明確に定めておきましょう。引渡し前のリスクは売り手、引渡し後のリスクは買い手が負担するのが標準的な定めですが、輸送中の事故などについて責任の所在があいまいになるケースがあります。
取引先契約・サービス契約の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
取引先との契約やサービス契約を買い手に移転する場合、契約上の地位の移転として、契約の相手方の同意を得る必要があります（民法539条の2）。株式譲渡であれば契約はそのまま存続しますが、事業譲渡では契約の当事者が変わるため、相手方の承諾が不可欠です。
具体的には、取引先に対して事業譲渡の事実と買い手の情報を通知し、既存契約を買い手に引き継ぐことについて書面で同意を取得するか、あるいは改めて買い手と取引先の間で新規契約を締結し直すかのいずれかの対応を行います。
実務で事故りやすいポイント
取引先契約の承継で最もリスクが高いのは、主要取引先が承継に同意しないケースです。事業の収益の大半を占めるような取引先が契約の移転を拒否した場合、事業譲渡の経済的価値が大きく毀損されます。このリスクに対処するため、デューデリジェンスの早い段階で、主要取引先との契約内容を精査しておくことが重要です。特に確認すべきポイントは以下の通りです。
まず、契約書にチェンジオブコントロール条項（経営権の変動に関する条項）が含まれていないかを確認します。この条項がある場合、事業譲渡に伴い契約が解除される可能性があります。次に、契約の残存期間と解約条件を確認します。契約の更新時期が近い場合は、更新を前提とした事業計画の妥当性に疑問が生じます。
また、許認可に紐づく契約（建設業の下請契約、食品製造業の販売契約など）は、買い手が同種の許認可を持っていなければ承継できない場合があります。許認可は事業譲渡では原則として承継されませんので、買い手が新たに取得する必要があるか、事前に行政庁に確認しておきましょう。
実務上のアドバイスとしては、クロージング前に主要取引先への挨拶と承諾取得を完了させることが理想です。契約書上は「主要取引先◯社から書面による承諾を取得すること」をクロージング条件（CP＝Conditions Precedent）に設定しておくことで、承諾が得られないリスクに対するセーフガードとすることができます。
商標権の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
商標権は知的財産権であり、特許庁への移転登録申請を行うことで権利が移転します。移転登録には、商標権移転登録申請書、譲渡証書（または事業譲渡契約書の写し）、登録免許税の納付（1件あたり30,000円）が必要です。商標権の移転は、登録しなければ第三者に対抗できません。クロージング後すみやかに移転登録を完了させましょう。
実務で事故りやすいポイント
商標権で注意すべき最大のポイントは、そもそも商標登録がなされているかどうかの確認です。意外に多いのが、「社名やブランド名を長年使っているが、商標登録をしていなかった」というケースです。この場合、商標権の移転ではなく、買い手が新たに商標登録出願を行う必要があります。ただし、第三者がすでに同一・類似の商標を登録している場合は、登録できないリスクがあります。また、商標権の範囲（指定商品・指定役務の区分）が事業内容をカバーしているかも確認が必要です。たとえば、飲食店の名称について商標登録はされているものの、指定役務が「飲食物の提供」のみで、物販やEC（電子商取引）での商品販売がカバーされていない場合があります。
さらに、売り手が他者に対して商標の使用許諾（ライセンス）を行っている場合、そのライセンス契約が買い手に承継されるかどうかも論点になります。通常使用権（商標法31条）が登録されている場合は対抗力がありますが、契約上の使用許諾のみの場合は、三者間での合意が必要です。
ウェブサイト・ドメインの承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
現代のビジネスにおいて、ウェブサイトは事業の重要な構成要素です。事業譲渡でウェブサイトを移転する場合、以下の手続きが必要になります。
ドメイン（インターネット上の住所にあたるもの。例：example.co.jp）の移管は、ドメイン管理事業者（レジストラ）を通じて行います。JPドメインであればJPRS（日本レジストリサービス）の規則に従い、gTLD（.comなど）であればICANNの移管ルールに従います。移管には数日から数週間を要する場合がありますので、余裕を持ったスケジュールを組みましょう。
サーバー（ウェブサイトのデータが保管されている場所）の移管も必要です。売り手のサーバー契約をそのまま引き継ぐか、買い手が新たにサーバーを用意してデータを移行するかのいずれかです。
SSL証明書（ウェブサイトの通信を暗号化するための電子証明書）は、ドメインやサーバーの変更に伴い、新たに取得し直す必要がある場合がほとんどです。
SEO（検索エンジン最適化）の観点からの注意事項
事業譲渡に伴いドメインを変更する場合は、検索エンジンにおける表示順位に大きな影響が出る可能性があります。旧ドメインから新ドメインへの301リダイレクト（恒久的な転送設定）を適切に設定することで、旧ドメインが蓄積してきた検索エンジンからの評価を新ドメインに引き継ぐことができます。
ドメインを変更せずそのまま移管する場合は、検索順位への影響は最小限に抑えられます。可能であれば、ドメイン自体の変更は避ける方が事業価値の維持につながります。
個人情報の取扱いに関する注意事項
ウェブサイトに会員機能がある場合やECサイトの場合、顧客の個人情報（氏名、住所、メールアドレス、購入履歴など）の取扱いが大きな論点になります。個人情報保護法上、個人データの第三者提供には原則として本人の同意が必要です（個人情報保護法第27条）。事業譲渡に伴う個人データの移転は「事業の承継に伴う提供」として本人同意の例外が認められていますが（同法第27条第5項第2号）、これはあくまで「事業の承継に伴い」「当該事業の承継前の利用目的の範囲内で」個人データを提供する場合に限られます。
したがって、買い手が個人データの利用目的を変更する場合は、改めて本人の同意を取得する必要があります。また、事業譲渡の事実と個人データの移転先について、ウェブサイト上での告知やメール通知により、顧客に適切に周知することが望ましい対応です。
実務で事故りやすいポイント
ウェブサイトの承継で頻繁に見落とされるのが、外部サービスとの連携です。決済代行サービス、メール配信サービス、アクセス解析ツール、広告アカウント、SNSアカウントなど、ウェブサイトに紐づく外部サービスは多岐にわたります。これらのサービスのアカウント名義変更や契約の移転を個別に進めなければならず、対応漏れが発生しやすい領域です。
対処方法としては、クロージング前にウェブサイトに紐づくすべての外部サービスのリスト（利用サービス名、契約者名、ログイン情報、契約期間、費用）を売り手に作成してもらい、一覧表としてデューデリジェンス資料に含めておくことが有効です。
雇用契約（従業員）の承継手順と注意事項
承継に必要な手続き
雇用契約の承継は、事業譲渡において最もデリケートかつ重要なテーマの一つです。
会社分割の場合は「労働契約承継法」により、一定の要件のもとで労働契約が自動的に承継される仕組みがあります。しかし、事業譲渡には労働契約承継法の適用はありません。したがって、従業員の雇用契約を買い手に移転するためには、従業員一人ひとりの個別の同意が必要です。
実務上は、以下の流れで進めるのが一般的です。まず、事業譲渡の事実と買い手の概要を対象従業員に説明します。次に、買い手における労働条件（賃金、勤務時間、勤務地、福利厚生、退職金制度など）を書面で提示します。そして、移籍に同意する従業員から書面で同意を取得します。
労働条件の引継ぎ
事業譲渡に際して、買い手が必ずしも売り手と同一の労働条件を維持する法的義務はありません。ただし、大幅な労働条件の切り下げは従業員の同意を得ることが難しくなるだけでなく、労働契約法上の問題を生じさせる可能性もあります。
有給休暇の取扱い
従業員の年次有給休暇（いわゆる有休）の取扱いは、しばしばトラブルの原因となります。法律上、有給休暇は労働基準法に基づき発生する権利であり、事業譲渡に伴って当然に承継されるものではありません。
しかし実務的には、従業員の移籍同意を得るために、売り手における未消化の有給休暇を買い手が引き継ぐ（または金銭で精算する）形で対応するケースが多く見られます。この場合、引き継がれる有給休暇の日数と、その費用を売り手・買い手のどちらが負担するかを、事業譲渡契約書に明記しておく必要があります。
退職金の取扱い
退職金の取扱いも重要な論点です。一般的なパターンとしては、売り手のもとでの勤続期間に対応する退職金は売り手が支払い（または精算金として買い手に引き渡し）、買い手のもとでの勤続期間に対応する退職金は買い手が支払うという整理です。ただし、退職金制度の有無や内容は会社によって異なりますので、個別の状況に応じた設計が必要です。
社会保険・雇用保険の手続き
社会保険（健康保険・厚生年金保険）と雇用保険については、売り手のもとでの資格喪失手続きと、買い手のもとでの資格取得手続きをそれぞれ行う必要があります。手続きが遅れると保険の空白期間が生じ、従業員に不利益を与えることになりますので、クロージング日に合わせて事前に準備を進めておきましょう。
実務で事故りやすいポイント
雇用契約の承継で最もリスクが高いのは、キーパーソン（事業運営に不可欠な人材）が移籍に同意しないケースです。特定の技術者や営業担当者が事業の収益に大きく寄与している場合、その人材が抜けることで事業の価値が大幅に低下する可能性があります。
対処方法としては、キーパーソンの特定とリテンション（引き留め策）をデューデリジェンスの段階から検討しておくことが重要です。移籍後の処遇改善や、リテンションボーナス（一定期間の在籍を条件として支給される特別報酬）の設定が有効な場合があります。
また、従業員への説明のタイミングと方法にも細心の注意が必要です。M&Aの情報が従業員に適切に伝わらないと、不安やうわさが広がり、退職者が相次ぐ事態に発展しかねません。説明は、事業譲渡契約の締結後、クロージングまでの間に、売り手と買い手が共同で行うのが理想的です。
事業譲渡における競業避止義務
事業譲渡に特有の法律上の効果として、競業避止義務があります。会社法第21条により、事業を譲渡した会社（売り手）は、当事者間に別段の合意がない限り、同一の市町村およびその隣接市町村の区域内において、譲渡した事業と同一の事業を20年間行うことができません。この法定の競業避止義務は、事業譲渡契約において特約により制限を加重したり（期間の延長、地域の拡大）、あるいは排除したりすることが可能です。実務上は、契約書において競業避止義務の範囲（対象事業、対象地域、期間）を明確に定めておくことが重要です。
ただし、競業避止義務の範囲を過度に広くすると、独占禁止法上の問題や、売り手の営業の自由との関係で無効とされるリスクがありますので、合理的な範囲にとどめることが肝要です。
消費税の包括的な整理
事業譲渡に伴う消費税の取扱いは、資産の種類によって異なるため、ここで全体像を整理しておきます。課税取引となるものは、建物、機械設備、車両、在庫（棚卸資産）、のれん（営業権）、商標権、ソフトウェアなどです。非課税取引となるものは、土地、有価証券（売掛債権を含む場合もあり）です。不課税取引となるものは、現金などです。
事業譲渡の対価総額を個別資産に按分する際、課税資産と非課税資産の按分は消費税の計算に直接影響します。特にのれんの金額が大きい場合、消費税額が数百万円単位で変動することもありますので、按分方法について売り手と買い手の間で事前に合意しておくことが不可欠です。
おわりに――個別承継の「手間」を「武器」に変える
事業譲渡は、株式譲渡に比べて手続きが煩雑であることは間違いありません。しかし、その「手間」の一つひとつが、実は取引の安全性を高めるための仕組みでもあります。
不要な資産や潜在的な負債を切り離し、本当に必要な事業だけを承継できること。各資産の権利関係を一つひとつ確認し、移転手続きを経ることで、権利の瑕疵を事前に発見できること。従業員の一人ひとりと向き合い、移籍の同意を得るプロセスを通じて、組織統合の土台を築けること。これらはすべて、個別承継だからこそ得られるメリットです。
大切なのは、事前の準備です。資産の一覧と権利関係の整理、取引先への事前打診、従業員への説明準備、許認可の確認、各種届出のスケジュール策定――これらを計画的に進めることで、事業譲渡のリスクは大幅に軽減されます。
本記事が、事業譲渡を検討されている皆さまの実務の一助となれば、これに勝る喜びはありません。個別のご事情やご不明点がございましたら、どうぞお気軽にご相談ください。
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